آگهی دفاع از رساله دکتری
پردیس علوم
دانشکده شیمی

عنوان: بکارگیری روش های مکانیک کوانتومی نیمه تجربی به منظور تخمین قدرت اتصال مولکول های کوچک دارویی با برخی پروتئین های دخیل در انواع سرطان مانند کینازهای وابسته به سیکلین

دانشجو:  صالح باقری
رشته:  شیمی فیزیک

اساتید راهنما:  دکتر حسن به نژاد، دکتر محمدحسین کریمی جعفری
استاد مشاور:  دکتر روح الله فیروزی

زمان: سه شنبه 1399/11/14 ساعت 16:00

  مکان: اتاق مجازی http://vclas9.ut.ac.ir/sci14

چکیده:
بطور کلی هدف اول این تحقیق محاسبه¬ دقیق برهمکنش میان برخی کوچک مولکول ها با یک نوع پروتئین پراهمیت در بروز انواع سرطان ها یعنی کیناز وابسته به سیکلین 2 است، و هدف دوم نشان دادن توانمندی روش های مکانیک کوانتومی نیمه تجربی اصلاح شده در محاسبات هرچه دقیقتر برهمکنش های زیستی و لزوم بکارگیری این روش ها در کنار رهیافت های رایج در حوزه طراحی دارو می باشد. ارزیابی های ما نشان داد که نرم افزار اتوداک در باز تولید کانفورماسیون های درست از لیگاند های مورد نظر، نسبت به نرم افزار وینا عملکرد موفقیت آمیزتری دارد. همچنین نرخ موفقیت درتخمین شیوه اتصال درست لیگاند در بین تمامی جواب های بدست آمده از فرایند داکینگ توسط نرم افزار اتوداک بطور قابل توجه ای بالاتر از نرم افزار وینا است. نتایج با اهمیت فاز محاسباتی داکینگ مولکولی با سه روش اصلاح شده مکانیک کوانتومی نیمه تجربی یعنی PM6، PM6-D3H4X و PM7 بهینه شدند. عملکرد روش های مکانیک کوانتومی نیمه تجربی را با معیاری بدیع و ابتکاری به نام "کسر تماس های بهبود یافته" تحت آزمون قرار دادیم. ساختارهای بهینه شده توسط این روش ها در توافق خوبی با ساختار تجربی قرار داشته اند و بطرز چشمگیری نتایج برهمکنش های پروتئین - لیگاند را بهبود می دهند.