تأسیس دانشکدگان علوم به زمان تأسیس دارالفنون یعنی حدود 150 سال پیش می‌رسد که سطح تحصیلات در حد دبیرستان بود. دروسی که در دارالفنون تدریس می‌شد عبارت بودند از: فیزیک، شیمی، طبیعیات، داروسازی و تجزیه معادن که به تدریج حساب، هندسه، جغرافیا و نقاشی نیز به آنها اضافه شد.

دارالفنون
 در سال  1307 طرح مؤسسه‌ای به نام دارالمعلمین عالی (دانشسرای عالی) مشتمل بر دانشکده‌های علوم و ادبیات ریخته شد. دانشکده علوم شامل رشته‌های فیزیک- شیمی، ریاضی و طبیعی بود. بعد از چند سال این مؤسسه به محل مدرسه علمیه سابق منتقل شد. این دانشکده دو استاد ایرانی و هفت استاد فرانسوی و جمعأ 100 محصل داشت. مرحوم دکتر محمود حسابی و غلامحسین راهنما دو استاد ایرانی این مجموعه بودند.

در سال 1313 پیشنهاد تأسیس دانشگاه تهران مشتمل بر شش دانشکده پزشکی، حقوق، علوم طبیعی، فنی، معقول و منقول و دارالمعلمین توسط دکتر حسابی، دکتر صدیق و موسیو بتلیانی به وزیر وقت داده شد و در همان سال توسط مجلس به تصویب رسید. دانشسرای عالی از ابتدای تأسیس دانشگاه به آن پیوست و چون دانشگاه تهران دارای ساختمان نبود، از همان محل دانشسرای عالی برای تشکیل دانشکده ادبیات و علوم استفاده شد. سپس واژه دانشگاه به جای اونیورسیته، دانشکده به جای فاکولته و دانشسرای عالی به جای دارالمعلمین معمول شد و نام دانشجو و دانشیار بر اساس نام دانش انتخاب شد. دانشکده مهندسی (دانشکده فنی) بعد از تأسیس دانشگاه بنا نهاده شد.

از سال 1313 تا سال 1337 دانشکده علوم برای دوره لیسانس سه ساله از طریق امتحاناتی که توسط دانشکده برگزار می‌شد (به شکل درون گروهی) دانشجو می‌پذیرفت.

ساختمان دانشکده علوم در سال 1330 افتتاح شد و تصمیم گرفته شد به جای اینکه در هر دانشکده گروه‌های مختلف علوم دایر باشد، کلیه رشته‌های علوم پایه در دانشکده علوم مستقر شود. در سال 1331 رشته فیزیک شیمی به دو رشته مستقل فیزیک و شیمی و رشته علوم طبیعی به دو گرایش زیست شناسی و زمین شناسی تفکیک شدند و در سال 1338 رشته‌های زیست شناسی و زمین شناسی به طور مستقل تشکیل گردیدند. برای ایجاد هماهنگی بین برنامه دانشکده با دانشکده‌های خارج در سال 1342 مقرر شد دوره لیسانس به 4 سال افزایش یابد و مدرک آن که به نام دیپلم بود، لیسانس شناخته شود و بدین ترتیب ارزش پیدا کند. از این سال دانشجویان از مسیر کنکور سراسری به دانشگاه راه یافتند. همچنین دوره‌های فوق لیسانس نیز گسترش یافت. گام مؤثری که در راه تحول دانشگاه و دانشکده برداشته شد، تنظیم دروس براساس واحد بود. در سال 1354 نام گروه ریاضی به گروه ریاضی و علوم کامپیوتر و در سال 1380 به گروه ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر تغییر یافت.

 از سال 1384 در پی ارتقای تشکیلات سازمانی دانشگاه تهران، دانشکده علوم به دانشکدگان علوم تغییر نام یافت و هم اکنون در پنج دانشکده و یک گروه آموزشی مستقل تحت عناوین دانشکده ریاضی، آمار و علوم کامپیوتر، دانشکده فیزیک، دانشکده شیمی، دانشکده زیست‌شناسی و دانشکده زمین‌شناسی و گروه بیوتکنولوژی (زیست‌فناوری) دانشجو می‌پذیرد.